在鎮撫完第一個王之後，來到第二張地圖紅蓮濕地，就會提示玩家野外會開始出現時空歪曲 (時空扭曲)。
時空歪曲出現的時間
時空歪曲出現的時間不固定，以各位玩家回報的數據，大約是待在同一張圖地 20 到 30 分鐘會出現一次。出現時空歪曲時會有三個階段：
- 時空開始發生歪曲 – 地圖上會標示發生地點，也會出現在場景中，這時候可以傳送到基地整理包包或寶可夢
- 時空發生歪曲 – 開始出現歪曲限定寶可夢，地上出現道具
- 時空歪曲停止了
時空歪曲發生時要準備什麼
時空歪曲出現的時間有限，所以最好發生扭曲前先做好準備，才不用中途離開。建議可以做以下準備：
- 飛到最近的基地，將身上多餘的道具放到道具箱，因為在時空歪曲裡地上很多東西要撿
- 休息讓寶可夢回滿 hp
- 帶上黏丸、泥丸，被寶可夢發現時，朝一般寶可夢丟一顆泥丸就會不動，頭目丟 4 顆會不動，不動時就能直接背襲捕獲，在時空歪曲裡特別好用，可避免進入戰鬥被圍攻。
- 在地圖上時空歪曲發生地點標上旗幟，方便快速跑到目的地。
時空歪曲限定寶可夢
很多寶可夢只會在時空歪曲裡面出現，如多邊獸、原版狃拉 (黑色)。一週目後，遊戲一開始的御三家：火球鼠、木木梟、水水獺和他們的進化版等等，也會開始在時空歪曲中出現。
黑曜原野
- 耿鬼
- 原版狃拉 (黑色)
- 瑪狃拉
- 葉伊布
- 仙子伊布
紅蓮濕地
- 火球鼠 – 一週目後
- 火岩鼠 – 一週目後
- 火爆獸 – 一週目後
- 多邊獸
- 多邊獸2
- 多邊獸Z
- 火伊布
- 月亮伊布
群青海岸
- 小磁怪
- 三合一磁怪
- 水伊布
- 火伊布
天冠山麓
- 木木梟 – 一週目後
- 投羽梟 – 一週目後
- 狙射樹梟 – 一週目後
- 頭蓋龍
- 戰槌龍
- 盾甲龍
- 護城龍
- 雷伊布
- 仙子伊布
- 鴨嘴炎獸
純白凍土
- 水水獺 – 一週目後
- 雙刃丸 – 一週目後
- 大劍鬼 – 一週目後
- 太陽伊布
- 冰伊布
- 巨鉗螳螂
時空歪曲掉落的道具
時空歪曲會在地上隨機出現所有種類的進化石和進化道具。
注意事項
- 時空歪曲不適用 S/L 大法 (儲檔/讀檔)，重新讀檔後時空歪曲會消失。