寶可夢傳說中，要遇見傳說寶可夢阿爾宙斯之前，必需先捕獲所有在寶可夢圖鑑裡的寶可夢 (No. 238 以前)。大部份的寶可夢都隨處可見，只有少數寶可夢需要不斷的進出村莊來刷新地圖，才有機會遇到，特別是寶可夢寶寶們 (未進化)。
以下就列出所有稀有寶可夢的捕獲地點和方法：
小卡比獸捕獲位置
捕獲小卡比獸的最佳位置在黑曜原野的高崗基地，一傳送過來就往右轉，如果完成一週目會看到阿米和小卡比獸站在這。往下圖中間的石頭的方向走過去。
穿過石頭會看到一個紅色礦石，繼續往礦石方向走。
穿過礦石就會看到三棵樹，運氣好的話就會看到樹下有小卡比獸，不然就只有圓法師。小卡比獸出現的機率很低，有時進出村莊刷十幾次也不會出現。
小卡比獸出現的三棵樹的位置如下圖所示。
小卡比獸不太怕人，還蠻好抓的，只是不好遇到。
成功捕獲小卡比獸。
皮丘、皮卡丘捕獲位置
捕獲皮丘和皮卡丘的最佳位置在黑曜原野的高崗基地右下角，下圖地圖所示的位置。
這邊會隨機出現皮卡丘和皮丘，他們會跟一些圓法師在一起，如果沒看到就回村再重新刷一次。
發現皮丘，皮丘非常膽小，很容易被嚇跑，可用煙彈慢慢靠近捕獲。
櫻花寶、櫻花兒捕獲位置
捕獲櫻花寶、櫻花兒的最佳位置在天冠山麓的離泉，打開天冠山麓地圖傳送到山中基地。
在離泉周圍用鳥飛一圈，看看有沒有在搖的樹，樹裡面都會隨機出現櫻花寶或櫻花兒。不一定每次來都會看到在搖的樹，如果沒看到，就回村重新再來一次。因為這麼離傳送點最近，所以最好刷出櫻花寶和櫻花兒。
丟寶可夢撞在搖的樹，出現受驚的櫻花寶。
丟寶可夢撞在搖的樹，出現受驚的櫻花兒。
成功捕獲櫻花兒。
多邊獸捕獲位置
多邊獸只會出現在紅蓮濕地發生的時空歪曲裡。
火球鼠捕獲位置
火球鼠除了遊戲一開始的御三家可以選之外，還會在完成一週目後(破關)，出現在紅蓮濕地發生的時空歪曲裡。
更多時空歪曲限定的寶可夢
還有很多只有時空歪曲才會出現的寶可夢，可參考下列文章。
空中出現的寶可夢
還有一些寶可夢只會在空中出現，可參考捕獲空中寶可夢的攻略。